《宿主与细菌的相互作用》阐述了一系列研究宿主和细菌互作的*前沿的方法，覆盖哺乳动物、新型非哺乳动物感染模型、细胞生物学、组学及细菌遗传学。其目的就是提供一种技术途径，涉及细菌感染的病理生理学多方面操作技术，从动物整体水平到组织水平、细胞水平及分子水平。用于这些前沿技术的病原微生物很广泛，并非只是那些我们想试图阐明胞内感染机制的胞内寄生菌和兼性寄生菌。所以，每个章节介绍的操作技术可适用于大多数病原微生物。《宿主与细菌的相互作用》旨在为广大科研人员提供优化的实验操作步骤，以确保实验的成功；对实验方法部分，包括每一操作步骤进行了详尽的描述；而注释部分是实验操作人员亲自操作总结出来的实验心得和技巧，也是对实验方法的一个补充，可帮助大家更好地解决实验中出现的问题和困难。
细菌感染是宿主和病原之间一种复杂的互作过程。在过去的20年中，通过细菌遗传学、细胞生物学、免疫学以及宿主生理学各学科知识的整合，我们对传染性疾病致病机理有了更深刻的认识：同时也引导了“细胞微生物学”这一新领域的发展。早期科研主要从研究较为充分的沙门氏菌、志贺氏菌、李氏杆菌及简单的细胞模型Hela细胞开始。然而，这一领域的研究很快扩展到了其他病原菌及细胞系中。细胞微生物学有助于鉴定参与互作的细菌毒力因子和宿主靶标，以及这种互作是如何调节细胞并协助病原微生物的。最新的科研动态分别从细胞水平、组织水平及整体动物水平，对体内感染的病原生物进行了详尽的研究。
本书阐述了一系列研究宿主和细菌互作的最前沿的方法，覆盖哺乳动物、新型非哺乳动物感染模型、细胞生物学、组学及细菌遗传学。其目的就是提供一种技术途径，涉及细菌感染的病理生理学多方面操作技术，从动物整体水平到组织水平、细胞水平及分子水平。用于这些前沿技术的病原微生物很广泛，并非只是那些我们想试图阐明胞内感染机制的胞内寄生菌和兼性寄生菌。所以，每个章节介绍的操作技术可适用于大多数病原微生物。本书旨在为广大科研人员提供优化的实验操作步骤，以确保实验的成功；对实验方法部分，包括每一操作步骤进行了详尽的描述；而注释部分是实验操作人员亲自操作总结出来的实验心得和技巧，也是对实验方法的一个补充，可帮助大家更好地解决实验中出现的问题和困难。
早期的研究证明。感染模型可以帮助我们更好地认识传染病，而近些年，研究的焦点已从经典的哺乳动物、哺乳动物细胞模型转向无脊椎动物模型；本书第一篇的第一章和第二章介绍了感染模型小蜡螟幼虫和果蝇的运用；而在第二篇中介绍了非动物模型阿米巴原虫（第九章）及植物（第六章、第十一章）。斑马鱼是最新出现的一种感染动物模型，第三章介绍了研究人员利用斑马鱼遗传背景清晰及胚胎通体透明的特点，在感染后实时从细胞和动物水平评估宿主和病原体的互作。活体成像技术的进步促进了哺乳动物体内成像的发展，第四章介绍了使用高敏感度相机可以观察动物体内发光的细菌或细胞.而第五章介绍了双光子显微镜观察活体组织内细胞改变的相关内容。
为了全面认识细菌的毒力.从细胞和分子水平研究宿主和病原微生物的相互作用是必不可少的（第二篇）；通过植物和酵母细胞等一些替代模型，可以筛选和鉴定出在细菌分泌系统作用下发生易位的细菌蛋白和效应因子，并阐明细菌调控宿主防御系统以实现自身在体内繁殖的机制（第六章）；第七章介绍了当细菌毒力因子位于病原体表面或注入细胞内时，可以通过一种方法鉴定细菌毒力因子宿主靶位点的方法；同时也介绍了一些病原菌是如何调控细胞关键流程的，包括蛋白通过蛋白酶体降解（第八章）、’磷酸肌醇动力学（第九章）和细胞凋亡（第十章）；运用双分子互补技术，可以鉴定活体内相互作用的宿主和细菌蛋白。另外，本书还介绍了一种检测病原微生物通过TLR信号通路调节宿主先天性免疫途径的方法（第十二章）。
技术的进步引发了组学复杂数据的大爆炸（第三篇）。第十三章介绍果蝇细胞系可用于小RNA分子筛选，这有助于鉴定参与感染的宿主因子；第十四章介绍了如何从感染的细胞中纯化细菌，并用于蛋白质组和转录组分析；第十五章介绍了用流式细胞仪分选斑马鱼胚胎中吞噬细胞，并用于转录组的分析。本书还涉及了高通量蛋白质组学分析时样品的快速制备以及数据提取的方法（第十六章）；而这些研究所产生的大量数据，需要强大的生物信息学背景才能挖掘；第十七章介绍了细菌生物信息学资源中心（PATRIC），它是美国国立卫生研究院资助的数据库，致力于病原微生物的组学分析。
细菌病原体的遗传操作对阐明细菌与宿主互作的分子机制是至关重要的（第四篇）。本书的第十八章至第二十章介绍了调控专性细胞内寄生菌的技术。
在此要感谢所有为这本书做出贡献的科研人员，是他们推动这个领域的科研进步，并用他们专业的知识为大家提供了详尽的实验方案、操作步骤及实验心得。同时也非常感谢分子生物学部门的主编JohnWalker博士，感谢他给我们这次机会编著《宿主与细菌的相互作用》一书并给予的大力支持。
希望大家都能喜欢这本分子生物学著作。
第一篇 通过感染模型研究细菌的毒力
第一章 用大蜡螟作为感染模型进行筛选
1 前言
2 材料
2．1 细菌菌株和昆虫
2．2 注射装置和设备
2．3 细菌生长和溶液的配制
3 研究方法
3．1细菌准备
3．2 大蜡螟的准备和感染
注释
参考文献
第二章 肠道感染的动物模型——果蝇
1 前言
2 材料
2．1 果蝇的培养
2．2 果蝇的品系和处理
2．3 细菌培养
2．4 经口感染和生存分析
2．5 血淋巴中的细菌计数
2．6 吞噬作用的阻滞
2．7 肠道解剖
2．8 肠道固定
2．9 肠道免疫染色
2．10 将解剖后的肠道置于显微镜载玻片上，并进行成像和数据分析
2．11 SYTOX Green分析
2．12 Smurf试验
2．13 RNA提取
2．14 蛋白质提取
2．15 BONCAT方法监测整体的蛋白翻译
2．16 监测copper细胞区域的酸化
3 方法
3．1 经口感染
3．2 生存分析
3．3 果蝇体内全部的菌量
3．4 血淋巴中的细菌计数
3．5 肠上皮内的细菌数
3．6 吞噬作用的阻滞
3．7 肠道解剖
3．8 肠道的封闭和免疫染色
3．9 肠道组织涂片
3．10 SYTOX Green方法检测上皮的完整性
3．11 Smurf试验检测消化道的完整性
3．12 从成年果蝇的中肠提取RNA
3．13 从解剖的肠道中提取蛋白质
3．14 通过BONCAT方法监测蛋白质的合成
3．15 监测果蝇中肠泌酸区域的生理功能
注释
致谢
参考文献
第三章 斑马鱼胚胎作为动物模型研究细菌毒力
1 前言
1．1 显微注射
2 材料
2．1 取卵并准备注射
2．2 细菌培养和培养液的准备
2．3 显微注射
2．4 细菌增殖的分析
2．5 生存分析和活体成像的工具
2．6 qRT-PCR和RNA-Seq分析
3 方法
3．1 获取鱼卵并准备感染实验的胚胎
3．2 培养洋葱伯克氏菌用于感染及接种液的准备
3．3 显微注射
3．4 胚胎生存研究
3．5 测定细菌增殖解读细菌的毒力
3．6 在感染期的实时观测
……
第二篇 宿主与细菌在细胞层面的相互作用
第六章 Cre报告基因分析易位（CRAfT）：一种用于研究宿主细胞内蛋白转运的工具
第七章 宿主与细菌蛋白间相互关系的检测：真核核仁蛋白与弗朗西斯菌属延长因子Tu的相互作用
第八章 劫持宿主蛋白酶体以时序性降解细菌效应蛋白
第九章 军团杆菌感染期磷酸肌醇动力学活细胞成像
第十章 细菌蛋白干扰细胞凋亡的研究
第十一章 基于双分子荧光互补技术研究植物宿主内的微生物病原体蛋白质互作成像
第十二章 细菌感染小鼠树突状细胞的TLR信号应答研究第三篇 组学与大规模筛查
第十三章 利用果蝇细胞siRNA筛选鉴定宿主感染所需的因素
第十四章 胞内细菌的纯化：从宿主细胞中分离有活性的流产布鲁氏菌
第十五章 对斑马鱼感染模型流式细胞分选（FACS-Sorted）免疫细胞群RNA测序以识别细胞对细胞内病原体的特异性反应
第十六章 细菌高通量鸟枪蛋白质组学分析的捷径
第十七章 PATRIC生物信息学资源中心的比较基因组分析
……
第三篇 组学与大规模筛查
第四篇 难治性细菌的研究方法
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