《绿色食品工作指南》内容涉及国家政策法规、国家与行业标准、管理办法、工作规范、实施细则等，共分七篇，主要内容包括：政策法规；科技标准；认证审核等。《绿色食品工作指南》对绿色食品管理工作有较强的指导性，可作为绿色食品工作的技术培训教材、绿色食品工作者的工具书，也可为全社会关注和研究绿色食品的专家学者提供参考。
第一篇 政策法规
中华人民共和国食品安全法
中华人民共和国食品安全法实施条例
中华人民共和国农产品质量安全法
中华人民共和国商标法
绿色食品标志管理办法
食品标识管理规定
第二篇 科技标准
绿色食品标准体系概述
关于绿色食品标准执行问题的若干规定（试行）
绿色食品产品适用标准目录（2013年修订版）
中华人民共和国卫生部办公厅、中华人民共和国农业部办公厅关于绿色食品标签标识有关问题的复函
第三篇 认证审核
绿色食品检查员注册管理办法
绿色食品检查员工作手册（试行）
绿色食品认证程序（试行）
绿色食品境外认证程序
绿色食品申报材料目录
绿色食品续展认证程序
绿色食品续展审核规范
绿色食品续展材料目录
NY／T 1054-2006绿色食品产地环境调查、监测与评价导则
NY／T 896-2004 绿色食品产品抽样准则
关于绿色食品企业使用全国绿色食品原料标准化生产基地原料的有关规定
关于绿色食品加工产品原料的有关规定
关于绿色食品申请人资质的有关规定
关于水产饲料生产企业申请绿色食品推荐生产资料及水产品生产企业申报绿色食品有关规定的通知
关于绿色食品加工产品中食用盐使用规定
关于标注酒龄黄酒申请绿色食品认证的补充规定
关于油炸食品认证及棕榈油质量管理有关规定的通知
关于防范和控制绿色食品食用菌产品中违法使用荧光剂的通知
关于集团公司下属分公司申请绿色食品认证有关规定的通知
关于进一步规范认证审核工作的若干规定
第四篇 标志管理
绿色食品标志商标使用证管理办法
绿色食品证书颁发程序
绿色食品标志管理公告、通报实施办法
绿色食品认证及标志使用收费管理办法
绿色食品认证及标志使用费收费标准
关于绿色食品认证及标志使用收费管理办法的实施意见
绿色食品新编号制度
绿色食品标志产品编号与企业信息码解析
第五篇 质量监督
绿色食品标志监督管理员注册管理办法
绿色食品企业内部检查员管理办法
绿色食品企业年度检查工作规范
绿色食品产品质量年度抽检工作管理办法
绿色食品产品质量年度抽检工作管理办法补充规定
绿色食品标志市场监察实施办法（试行）
绿色食品质量安全预警管理规范（试行）
第六篇 基地建设
关于创建全国绿色食品标准化生产基地的意见
全国绿色食品原料标准化生产基地申报材料目录
全国绿色食品原料标准化生产基地监督管理办法（试行）
绿色食品原料标准化生产基地创建评审工作规则
关于进一步加强绿色食品原料标准化生产基地建设与管理工作的意见
全国绿色食品原料标准化生产基地验收办法
关于印发《创建全国绿色食品原料标准化生产基地申请书》和《全国绿色食品原料标准化生产基地验收评估表》的通知
全国绿色食品原料标准化生产基地续报管理办法（试行）
第七篇 绿色生资
绿色食品生产资料标志管理办法
绿色食品生产资料标志管理办法实施细则（肥料）
绿色食品生产资料标志管理办法实施细则（农药）
绿色食品生产资料标志管理办法实施细则（饲料及饲料添加剂）
绿色食品生产资料标志管理办法实施细则（兽药）
绿色食品生产资料标志管理办法实施细则（食品添加剂）
绿色食品生产资料管理员注册管理办法
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