《本草真诠》成书于万历三十年（1602）。共2卷，每卷分为3集。卷上一集讨论五运六气学说。二集讨论经络，并附十二经络图，三集讨论药性分类，列风、热、湿、燥、寒、气、血、痰、疮、毒、妇人、小儿十二门，门下分类，类下列药，每药简介功效主治，共载药1231种（包括重复药物）。卷下一集*列诸品药性阴阳论，继分温、热、平、凉、寒五类，每类药略述其畏恶、性味等，*后介绍了诸水之应用；二集为（食治门），分为米谷、菜蔬、果品、走兽、飞禽、虫鱼六类，收药141种，简介其功效主治；三集为用药杂论，主要摘取金元医家及本草序例中的相关内容，论述中医辨证用药必须注意的问题。本次整理以万历三十年（1602）建邑余良进怡庆堂刻本为底本。
卷之上
一集
十干纪运之图
地支六气之图
子午年司天客气加主气图
丑未年司天客气加主气图
寅申年司天客气加主气图
卯酉年司天主气加客气图
辰戌年司天客气加主气图
巳亥年司天客气加主气图
六十年五运六气加临之图
运气加临脉候寸尺不应之图
五运六气主病加临转移之图
运气病机
木运太过不及病机药宜
火运太过不及病机药宜
土运太过不及病机药宜
金运太过不及病机药宜
水运太过不及病机药宜
厥阴司天在泉主客胜复病机补泻定局
少阴司天在泉主客胜复病机补泻定局
太阴司天在泉主客胜复病机补泻定局
少阳司天在泉主客胜复病机补泻定局
阳明司天在泉主客胜复病机补泻定局
太阳司天在泉主客胜复病机补泻定局
二集
手太阴肺经
手太阴肺经补泻温凉报使引经药性
手阳明大肠经
手阳明大肠经补泻温凉报使引经药性
足阳明胃经
足阳明胃经补泻温凉报使引经药性
足太阴脾经
足太阴脾经补泻温凉报使引经药性
手少阴心经
手少阴心经补泻温凉报使引经药性
手太阳小肠经
手太阳小肠经补泻温凉报使引经药性
足太阳膀胱经
足太阳膀胱经补泻温凉报使引经药性
足少阴肾经
足少阴肾经补泻温凉报使引经药性
手厥阴心包络经
手厥阴心包络经补泻温凉报使引经药性
手少阳三焦经
手少阳三焦经补泻温凉报使引经药性
足少阳胆经
足少阳胆经补泻温凉报使引经药性
足厥阴肝经
足厥阴肝经补泻温凉报使引经药性
三集
治风门
行气开表药凡二十四种
祛风化痰药凡十五种
清热润燥药凡二十五种
主治各经风药
治热门
治上焦热药凡十六
治中焦热药凡二十种
治下焦热药凡十九种
主治各经热药
骨肉分痨瘵发热主治药
治湿门
补气除湿药凡六种
调中消导药凡二十种
行湿利大小便药凡二十三种
散湿风门药凡十三种
主治各经湿药
治燥门
解热生津药凡二十九种
滋血润燥药凡二十一种
主治各经燥药
治寒门
治上焦寒药凡九种
治中焦寒药凡三十种
治下焦寒药凡十四种
主治各经寒药
治气门
补气清气温凉药凡四十五种
温气快气辛热药凡十九种
行气散气降气药凡四十二种
破气消积气药凡十四种
治血门
补血温血属阳药凡十种
补血生血属阴药凡二十九种
凉血止血行血药凡六十四种
破血消积血药凡三十二种
治痰门
治热痰虚痰药凡二十七种
治湿痰行痰药凡十五种
治寒痰风痰药凡十六种
消克痰积药凡十四种
治疮门
泻火解热药凡三十五种
行气开滞辛温药凡三十九种
活血行血药凡四十二种
解毒攻毒药凡一百四十五种
治毒门
解毒药凡八十种
解毒兼治邪药凡四十种
治邪药凡四十二种
妇人门
补虚调经安胎药凡四十一种
理产和血行气药凡四十五种
攻克血积药凡十六种
小儿门
治脾病补虚疳泻药凡三十二种
治肝病风热惊痫药凡四十四种
治疮毒药凡二十种
卷之下
一集
诸品药性阴阳论
温性药品凡八十五种
热性药品凡十一种
平性药品凡五十九种
凉性药品凡二十九种
寒性药品凡七十八种
诸水
二集
食治门
米谷类凡二十一条
菜蔬类凡二十八条
果品类凡二十一条
走兽类凡十五条
飞禽类凡二十条
虫鱼类凡二十六条
三集
十二经水火分治歌
五脏苦欲补泻药味
用药升降浮沉补泻法
升降者天地之气交
标本阴阳论
五方之正气味
治方之法
七方
十剂
治法纲要
论出产择地土
论收采按时月
藏留防耗坏
贸易辩真假
咀片分根梢
制造资水火
治疗用气味
药剂别君臣
四气
五味
七情
五用
东垣随证治病药品
东垣用药凡例
题本草真诠跋
校注后记
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